С началом Второй мировой войны над Афоном нависла новая угроза потери независимости, древнего монашеского уклада и сокровищ. После занятия Греции немецкими войсками, союзники завоевателей болгары изъявили желание взять Святую Гору под собственный контроль. Зная об этих намерениях, Священный Кинот, желая сохранить независимость Святой Горы и неприкосновенность её сокровищ, 13/26 апреля 1941 года направил послание Адольфу Гитлеру, в котором просил взять монашескую республику под свою защиту. Гитлер был польщён письмом святогорцев и отдал приказ, запрещающий немецким и болгарским военным вход на Святую Гору. Контроль за исполнением этого решения был поручен гестапо, которое обосновалось в городе Урануполис.

Во время и накануне греческого национально-освободительного восстания 1821 года многие афонские монахи брали в руки оружие и помогали повстанцам материально. С объявлением русско-турецкой войны они устремились на поддержку России и даже потопили три турецких фрегата. Избежать репрессий удалось тогда лишь благодаря заступничеству Константинопольского патриарха.

На протяжении нескольких столетий турецкого ига культура и образованность греческого народа постепенно приходили в упадок, что не могло не отразиться и на Афоне. Многие афонские монахи начали покидать большие общежительные монастыри, уходя в скиты, которые постепенно стали крупными монашескими общинами, напоминавшими древние лавры Египта, Сирии и Палестины. В крупных монастырях оставалось все меньше насельников, заботившихся о книжных сокровищах обителей, практически прекратилось переписывание рукописей.

Окончательное подчинение Афона османским завоевателям произошло в 1424 году. С падением Византийской империи в истории Святой Горы произошли большие перемены.

Многолетние войны, которые велись императором Алексием Комнином во всех направлениях, обеспечили мир в Средиземноморье, но он вскоре был нарушен с запада Крестовыми походами, истиной целью которых было вовсе не противодействие мусульманам, а разрушение Византийской империи. Поэтому, когда латинянами были захвачены Салоники, подворья афонских монастырей стали тимарами (поместьями) дворян.

В османскую эпоху Святая Гора Афон оставалась под покровительством (хотя и не всегда бескорыстным) турецких султанов, что позволило Св. Горе сохранить хотя бы часть своей былой славы.

В эпоху античности Афонская гора, носящая, как считали древние (Steph. Byz. Ethnica. P. 36), имя мифического фракийского гиганта Афона (̀ρδβλθυοτεΑθως, ̀ρδβλθυοτεΑθων - догреч. происхождения; др. название ̓Ακτή - Утес), была малонаселена и известна гл. обр. своей величиной. Многие греч. авторы приводят древнее изречение, что вершина Афона затеняет статую быка на о-ве Лемнос. У юж. скал Афона во время греко-персид. войн в 493 г. до Р. Х. потерпел крушение персид. флот Мардония, и через 12 лет царь Ксеркс во время греч. похода приказал прорыть для прохода своих судов в самом узком месте полуострова канал (высохшее русло «Ксерксова канала» различимо до сих пор в местности, носящей название Провлакас).

Афон (Святая Гора), крупнейшее в мире средоточие православного монашества, расположенное в Греции на полуострове Айон-Орос (Св. Гора, Афонский полуостров). Находится под церковной юрисдикцией Константинопольского Патриархата. На Св. Горе, пребывающей под покровительством Божией Матери и называющейся уделом Пресвятой Богородицы, уже более тысячи лет непрестанно возносятся к Богу молитвы иноков (в наст. время число монашествующих превышает 1700).

В ночь с 10 на 11 мая 1986 года в Афганистане десантнику Виктору Чередниченко перед боем с моджахедами явилась Божья Матерь… Тогда он еще не был верующим, только вступил в компартию. Но это явление Богородицы изменило всю его последующую жизнь. Виктор и сейчас убежден, что только Ее заступничеством он избежал смерти и смог спасти своих товарищей, за что был удостоен высшей боевой награды СССР – орденом «Красной звезды», а также медалью «За отвагу». Много лет спустя, в Русском на Афоне Свято-Пантелеимоновом монастыре он вновь увидел этот дивный лик – на хранящейся здесь иконе Божией Матери «Игумения Горы Афонской».

«Исихазм является сутью восточно-православной монашеской традиции, он есть путь богоискания и богопознания, который на протяжении веков проходило и ныне проходит монашество Православной Церкви» (Митрополит Горийский и Атенский Андрей (Гвазава)).